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单细胞转录组数据分析实战 专栏

单细胞转录组数据分析实战

单细胞转录组测序,被称为测序领域的“第二次革命”,与传统转录组测序不同,单细胞技术将研究对象从组织细化到细胞,可以加深对细胞异质性和组织微生态特征等的认知。 通过对单细胞的多组学生物特征开展多层次(突变、转录、表观修饰、蛋白质表达等)的研究,以及对细胞间通讯、空间位置的分析,可进一步深化对细胞的分化机制、组织的发育原理及疾病发生机制的理解。 基于此,本课程从实战出发,介绍了单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)上游分析(Linux系统)和下游分析(R语言)中常用的分析软件包和在线分析工具。 结合实际案例
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课程详情

单细胞转录组数据分析实战单细胞转录组数据分析实战单细胞转录组数据分析实战

课程目录(30)

  • 1-1单细胞转录组上游分析 1-1单细胞转录组上游分析 视频
  • 1-2Linux系统的获取 1-2Linux系统的获取 视频
  • 1-3cellranger的安装 1-3cellranger的安装 视频
  • 1-4cellranger-mkfastq的使用 1-4cellranger-mkfastq的使用 视频
  • 1-5SRAtoolkit-1 1-5SRAtoolkit-1 视频
  • 1-6SRAtoolkit-2 1-6SRAtoolkit-2 视频
  • 1-7cellranger-count的使用 1-7cellranger-count的使用 视频
  • 1-8STARsolo 1-8STARsolo 视频
  • 1-9salmon-alevin的使用 1-9salmon-alevin的使用 视频
  • 2-1单细胞转录组下游分析 2-1单细胞转录组下游分析 视频
  • 2-2aggr_mat2csv 2-2aggr_mat2csv 视频
  • 2-3reanalyzev 2-3reanalyzev 视频
  • 2-4Loupe_Browse 2-4Loupe_Browse 视频
  • 2-5R包安装 2-5R包安装 视频
  • 2-6Seurat-1 2-6Seurat-1 视频
  • 2-7Seurat-2 2-7Seurat-2 视频
  • 2-8Seurat-3 2-8Seurat-3 视频
  • 2-9Seurat-4 2-9Seurat-4 视频
  • 2-10SingleR 2-10SingleR 视频
  • 2-11scater&scran-1 2-11scater&scran-1 视频
  • 2-12scater&scran-2 2-12scater&scran-2 视频
  • 2-13scater&scran-3 2-13scater&scran-3 视频
  • 2-14GO-KEGG 2-14GO-KEGG 视频
  • 3-1单细胞转录组在线分析工具 3-1单细胞转录组在线分析工具 视频
  • 3-2IRIS3 3-2IRIS3 视频
  • 3-3SC1 3-3SC1 视频
  • 4-1单细胞转录组数据库 4-1单细胞转录组数据库 视频
  • 4-2DRscDB 4-2DRscDB 视频
  • 4-3scRNASeqDB 4-3scRNASeqDB 视频
  • 4-4HCL_MCA 4-4HCL_MCA 视频